Allgemeine Regeln » puma fenty creeper

Dit werd uitgevoerd met het programma Alleles in Space puma fenty creeper (AIS) (Miller, 2005), waarbij het aandeel van verschillen (dwz een p-afstandsequivalent) werd gebruikt om de genetische afstandsmatrix en 10.000 permutaties te genereren om de statistische significantie te beoordelen. We gebruikten ook AIS om voer een ruimtelijke autocorrelatieanalyse uit van de dataset, met behulp van 11 afstandsklassen, gelijkgemaakte steekproefgroottes over klassen en 10.000 permutaties om de significantie te beoordelen.

Daarnaast gebruikten we het programma Beast 1.6.1 (Drummond en Rambaut, 2007) om schattingen van coalescentie-tijden en demografie puma badslippers uit het verleden uit te voeren. We definieerden het beste model van nucleotidesubstitutie voor onze dataset, namelijk HKY (Hasegawa et al. , 1985) G-model, gebruikmakend van het Akaike Information puma for baby Criterion (AIC, Akaike, 1974) geïmplementeerd in jModelTest 0.1 (Posada, 2008). Onze eerste set Beast-runs was gericht op het schatten van de moleculaire kloksnelheid voor ons segment in poema-afstammingslijnen.

We gingen uit van een Bayesiaanse skyline en een strikte moleculaire klok, waarvan de evolutionaire snelheid was gebaseerd op de schatting die was afgeleid van de eerste analyseronde. We puma babys beoordeelden de t MRCA voor vier verschillende monstersets: (i) volledige steekproef; (ii) Zuid Alleen Amerika; (iii) Noord- en Midden-Amerika (NA NCA); en (iv) een subset van 24 NA NCA-monsters die een regionaal endemische subclade vormden in het haplotype-netwerk, wat wijst op autochtone diversificatie (zie Resultaten).

Na verwijdering van opgenomen primersequenties en fragmentranden van lage kwaliteit werden dubbelstrengs sequenties voor een segment van 669 bp van het mtDNA ND5-gen verkregen voor 156 puma california sneakers poema-individuen bemonsterd in Zuid-Amerika, 17 uit Midden-Amerika en 13 uit Noord-Amerika ( Tabel S1, figuur 1).

Er werden matige tot hoge niveaus van haplotype-diversiteit waargenomen, terwijl de nucleotide-diversiteit vrij laag was (tabel 2).

A) Analyse van de volledige dataset (669 bp) De pijl geeft het punt aan waar de outgroep P. yagouaroundi is verbonden B) Analyse van een subset van de nucleotideplaatsen die overlappen met de Miracinonyx trumani-sequentie (286 bp). geef de punten aan waar de outgroup-taxa zich bij het netwerk aansluiten: P. yagouaroundi (in grijs; 32 mutatiestappen vanaf het verbindingspunt) en M. trumani (in zwart; 19 stappen vanaf het verbindingspunt).